Fakultas Peternakan menerbitkan 2 Jurnal Ilmia yaitu JITRO (Jurnal Ilmu dan Teknologi Peternakan Tropis) dan JIPHO (Jurnal Ilmiah Peternakan Halu Oleo)
JITRO (Jurnal Ilmu dan Teknologi Peternakan Tropis) adalah jurnal ilmiah yang secara umum membahas topik-topik ilmu hewan tropis. JITRO diterbitkan dan dikelola oleh Fakultas Peternakan Universitas Halu Oleo bekerjasama dengan Perhimpunan Ilmuwan Peternakan Indonesia. JITRO merupakan jurnal peer-review yang terbit tiga kali dalam setahun (Januari, Mei, dan September).
JITRO meraih peringkat AKREDITASI SINTA 2 berdasarkan Keputusan Menteri Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional No. 200/M/KPT/2018, pada tanggal 23 Desember 2020. JITRO terindeks oleh Dimensions, Google Scholar, Garuda, Science, and Technology Index (SINTA), BASE, DRJI, dan database ilmiah lainnya. JITRO menggunakan pemeriksa plagiarisme untuk menghindari plagiarisme naskah.
JITRO menerbitkan artikel penelitian dan review dengan topik pemuliaan dan genetika ternak, ilmu reproduksi ternak, anatomi dan fisiologi ternak, nutrisi ternak dan teknologi pakan, hijauan pakan ternak, produksi ternak, bioteknologi ternak, tingkahlaku ternak, kesehatan ternak, sistem peternakan, sosial ekonomi ternak, kebijakan peternakan, dan teknologi hasil ternak.
JIPHO (Jurnal Ilmiah Peternakan Halu Oleo) adalah jurnal ilmiah bidang peternakan yang mencakup; pemuliaan dan genetika, reproduksi, fisiologi, nutrisi, teknologi pakan, hijauan pakan, produksi ternak, bioteknologi, tingkah laku, kesehatan, sistem peternakan, sosial ekonomi, kebijakan, dan teknologi hasil ternak. JIPHO diterbitkan oleh Fakultas Peternakan Universitas Halu Oleo yang bekerjasama dengan Ikatan Sarjana Peternakan Indonesia (ISPI) Cabang Sulawesi Tenggara dan Asosiasi Reproduksi Hewan Indonesia (ARHI) Cabang Sulawesi Tenggara.