Terbentuknya Fakultas Peternakan di Universitas Halu Oleo di Kendari, Sulawesi Tenggara, diawali dari berdirinya program studi peternakan pada tahun 1997 sebagai salah satu program studi pada fakultas Pertanian Universitas Halu Oleo (UHO). Pada tahun 1999 Program Studi Peternakan resmi mendapat persetujuan dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Status Program Studi Produksi Ternak resmi menjadi Jurusan Produksi Ternak pada tahun 2005 dan resmi berubah nama menjadi Jurusan Peternakan berdasarkan SK Ditjen Dikti pada tahun 2007.

Fakultas Peternakan terbentuk menjadi fakultas internal pada 2012 setelah berusia 15 tahun dan secara definitif menjadi Fakultas Peternakan Universitas Halu Oleo pada tanggal 14 Oktober 2014 berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No 143 Tahun 2014.